يسري فودة مسلم الديانة، رغم ان الكثيرين شككوا في كونه مسيحياً او ربما يتبع ملّة غير مألوفة .
لكن الحقيقة انه مسلم وبدليل قاطع منه هو نفسه، فقد كان يؤدي كل الصلوات في كل المساجد التي كان يقوم بالتصوير فيها، واهم من ذلك انه صلّى مع رمزي بن الشيمة وخالد شيخ محمد ( منسقي عملية ال11 من سبتمبر )
اكثر من يومين.