أسباب الشذوذ الجنسي هي واحدة أو أكثر من الأمور التالية:
أولاً: قد يكون سببه نقص أحد الوالدين أي التمثل به، كأن يمارس الأب أو الأم الجنس أمامه دون اكتراث به، أو يبالغون في تدليلهم له.
ثانياً: قد يكون سببه انحرافات مفرزات الغدد الصماء الداخلية مجتمعة لا واحدة منها وأهمها مفرزات الخصية والمبيض. فالغدة النخامية الموجودة في مقدم الجمجمة ومفروز الخصية ومفروز المبيض موجودان في دمائنا
وبول الذكر أو الأنثى على السواء، إنما بنسبة متفاوتة ومصدرها مفروزة الغدة الكظرية التي تقع فوق الكلية. فنسبة مفروز الخصية لدى الرجال أعلى منها لدى النساء، والعكس في حالة مفروز المبيض(الأسترون) فالرجل
المثالي قد تكون فيه الذكورة تسعين في المائة والتعادل خمسين في المائة من الذكورة مع مثلها من الأنوثة. ففي حالة الشاب مثلاً الذي يفرز جسمه الهرمون الأنثوي فإن حالة بنيته وتوزيع الشحم والشعر بجسمه وصوته
وحركاته وإيماءاته تكون أنثوية وبالعكس في حالة المرأة التي يفرز جسمها الهرمون الذكري تكون صفات جسمها كصفات جسم الرجل.
وقد بُحثت حالة لوطيين إيجابيين وسلبيين بفحص بولهم المحتوي لهذه الهرمونات الجنسية وعُملت تجارب على الحيوانات بها، وكان اللوطيون معترفين بحالتهم وكانوا من الذين لا يأنفون من حالتهم ولا يوجد لديهم أي
مرض عصبي نفساني مسبب لحالتهم وكانوا مدمنين في اللواط وعتيقين فيه. فثمانية وأربعون في المائة منهم لم يتواجد أي هرمون أو منبه للجنس ببولهم، ووجد في عشرين في المائة منهم أن ليس لديهم كمية متوفرة أزوَد
من الطبيعي، ووجد أن ثلاثون في المائة منهم فقط كانوا سليمي الجسم. ولعل عدم وجوده فيمن ليس لديهم انحراف في الغدة النخامية التي تنبه الكظر والخصية والمبيض للعمل والقيام بوظائفها سببه أن هذا النوع من
اللواط شذوذ عقلي ونفساني. ويوق البعض أن ثلاثين في المائة من حالات الشذوذ تعود لهذا السبب. كما يُقال عند تعادل نسبة المفروزات، إن الشخص يكون عرضة لأن يصبح لوطياً أو سحاقياً وميالاً للجنس الآخر أيضاً
وهو ما يعرف بالازدواجية الجنسية.
ثالثاً: وقد يكون سبب الشذوذ التربية في وسط نسَوي بالنسبة للذكور أو ذكوري بالنسبة للإناث، فتربي البنت كالصبيان فتلبس لبسهم، وتعامل كولد، وتُشجع على التصرف مثله، فتسبب البيئة التواء الهدف الجنسي وهذا
سبب نفساني.
رابعاً: وقد يكون سبب الشذوذ تكوّن عقدة العقل الباطن حول الشعور بخطيئة الاستمناء باليد أو الألطاف فيتولد اعتقاد خاطئ بأن هذه العادة قد تسبب العنّة أو البرودة الجنسية فيخشون الفشل مع الجنس المغاير
فيجربون الجنس المماثل، وتنمو لديهم هذه العادة وقد ترجع ممارسة حوالي خمسين في المائة من اللواط والسحاق إلى مرض عصبي نفساني بسبب الصراع بين العادة وغريزة المجتمع (العادات والتقاليد).
خامساً: وقد يكون سبب الشذوذ الحاجة الملحّة لاستيفاء الرغبات الجنسية مع عدم توفر السبل كما في حالة التلاميذ والتلميذات الداخليين ورجال الجيش والبحرية والمساجين وغيرهم، أو بسبب قلة المال لما يتطلبه
الجنس الآخر من نفقات. وتزول هذه الحالة بزوال السبب إلا إذا استأصلت في النفس وكذلك الفشل في الزواج قد يحضّ عليها.
سادساً: وقد تساعد الخمرة على التعود على هذه العادة لأنها تشلّ رقابة العقل الواعي على الغرائز وتشجع على الرذائل وكذلك المخدرات.
سابعاً: وقد يكون الشذوذ عرضاً من عوارض أحد الأمراض العقلية.
ثامناً: وقد يكون سبب الشذوذ ضعف العقل، ويمكن وجوده في بيئة دون أخرى بحكم العادات والتقاليد.
تاسعاً: وقد يكون سبب الشذوذ عدوى أخلاقية من آخرين كما ينجم عن نوم البنات مع بعضهن البعض أو الذكور في فراش واحد. وإذا كبت الميل الجنسي، فقد تنشأ أمراض عصبية بنسبة ضئيلة.