يعتبر البقدونس واحدا من أهم الأعشاب الطبيعية التي تستخدم عادة لتطهير الكلى , ويستند هذا على أن المواد السامة مثل اليوريا تمر عن طريق الكلى , فالبقدونس يعمل على تسريع
عملية طرد هذه السموم من خلال إدراره للبول حيث يحتوي على مادتي الأبيول والماريستيسين والتي تتركز في زيت البقدونس , ويعمل بالتالي على تطهير المسالك البولية , وغالبا ما تستخدم أوراق البقدونس المجفف حيث
يتم تناول هذا المشروب ثلاث مرات يوميا بعد غليه , ويحذر استخدام كميات كبيرة من البقدونس في فترات الحمل حيث أن هذا يسبب تقلصات الرحم ومادة الماريستيسين قد تسبب زيادة معدل ضربات قلب الجنين.
وكثيراً ما يوصف مغلي ومنقوع شراب البقدونس لتفتيت حصوات الكلى. حيث يرجع هذا إلى وقت طويل من الزمان حيث كان يستخدم عصير البقدونس المغلي للتخلص من حصوات الكلى من قبل الآسيويين وأيضاً سكان أمريكا
الأصليين.